R&D 세액공제 환급제로 중소기업 혁신 글로벌 트렌드를 따라잡자!

 

산기협 "중소기업 R&D 세제 혁신으로 기업 혁신 지원"

한국산업기술진흥협회(산기협)가 2025년 4월 23일 발표한 '산업기술혁신 R&D 세제건의서'를 통해 중소기업 R&D 세액공제 환급제 도입을 포함한 10가지 핵심 정책과제를 제안했습니다. 이번 건의는 글로벌 경제 불확실성 속에서 기업 R&D 투자 활성화와 혁신 생태계 구축을 위한 실질적 세제 지원 방안을 담고 있어 주목받고 있습니다.

목차

• 1. 중소기업 R&D 세액공제 환급제 도입 배경과 필요성
• 2. R&D 세액공제 거래제와 중소기업 혁신 활성화 방안
• 3. 연구인력 지원 강화와 기술 취득비용 공제 재도입
• 4. 글로벌 주요국 R&D 세제지원 동향과 한국의 대응
• 5. 세제 지원 범위 확대와 파급효과 전망
• 6. 산업계 반응과 정책 도입을 위한 과제

1. 중소기업 R&D 세액공제 환급제 도입 배경과 필요성

• 중소기업 R&D 세액공제 환급제는 자금 조달에 어려움을 겪는 중소기업들이 연구개발에 투자한 비용에 대한 세액공제분을 이월하지 않고 즉시 현금으로 환급받을 수 있는 제도입니다.
• 이는 기존 이월공제 방식의 한계를 극복하고 R&D 투자 선순환 체계를 구축하기 위한 핵심 정책입니다.

핵심 지표:

• 도입 기간: 3년간 한시적 운영 (2026-2028년)
• 예상 소요 재원: 약 1조 2천억원
• 예상 경제적 파급효과: 3.6조원 (R&D 투자 유발 효과)
• 대상 기업: 연구개발 투자를 수행하는 중소기업

특히 이 제도는 수익이 낮거나 없어 법인세 납부액이 적은 초기 단계 기업들이 R&D 투자 후 즉각적인 현금 흐름 개선 효과를 볼 수 있어, 혁신 창업 생태계 활성화에도 크게 기여할 것으로 전망됩니다.

2. R&D 세액공제 거래제와 중소기업 혁신 활성화 방안

• 산기협은 중소기업 R&D 세액공제 환급제와 함께 R&D 세액공제 거래제 도입도 제안했습니다.
• 이는 미국의 세액공제 거래 시스템을 벤치마킹한 것으로, 법인세 공제가 미적용돼 발생하는 이월 세액공제분을 다른 기업에 양도할 수 있게 하는 제도입니다.

정책 제안	주요 내용	기대 효과
R&D 세액공제 환급제	중소기업 R&D 세액공제분 즉시 현금 환급	자금 순환 개선, R&D 투자 확대
R&D 세액공제 거래제	이월 세액공제분 타 기업 양도 허용	초기 기업 자금 회전율 제고
R&D 투자 확대 기업 지원	세액공제율 10%p 인상(25% → 35%)	적극적 R&D 투자 유도
우수기업 부설연구소 지원	지방세 3년 면제, 세액공제율 상향	지속적 연구개발 인프라 구축

이러한 제도들은 자금력이 부족한 중소기업과 스타트업이 R&D 투자에 따른 세제 혜택을 실질적으로 누릴 수 있게 함으로써, 혁신 생태계 조성에 큰 도움이 될 것으로 기대됩니다.

3. 연구인력 지원 강화와 기술 취득비용 공제 재도입

산기협은 R&D 세액공제 외에도 연구인력 지원 강화와 기술 취득비용 공제 재도입을 통해 기업의 혁신 역량 강화를 위한 포괄적 지원을 요청했습니다.

연구인력 지원 강화 방안:

• 중소·벤처기업 연구활동비 비과세 확대: 월 20만원 → 100만원
• 중견기업 연구활동비 비과세 신설: 월 30만원 한도
• 연구인력 채용 시 추가 세액공제 혜택 부여

• 또한 2018년에 폐지된 기술 취득비용 공제를 재도입하고, 공제율을 기존 10%에서 30%로 대폭 상향 조정할 것을 제안했습니다
• 이는 국가전략기술과 신성장기술 분야에 적용되어 핵심 기술 확보를 촉진할 것으로 기대됩니다.

4. 글로벌 주요국 R&D 세제지원 동향과 한국의 대응

글로벌 주요국들은 이미 R&D 세제 지원을 강화하는 추세입니다. 특히 미국과 일본, 영국 등은 R&D 세액공제 환급제를 도입해 초기 기업의 혁신을 적극 지원하고 있습니다.

국가	주요 R&D 세제 지원 정책	특징
미국	R&D 세액공제 환급제, 세액공제 거래제	스타트업 중심 혁신 생태계 지원
영국	중소기업 R&D 세액공제 환급, 공제율 33%	현금 환급 통한 즉각적 지원
프랑스	R&D 세액공제 환급, 중소기업 선환급제	즉시 환급으로 자금 유동성 제고
일본	오픈이노베이션 세액공제 확대(30%)	대기업-중소기업 협력 중심
한국(현행)	세액공제 이월제도(10년), 공제율 차등	이월 방식 중심, 즉시 환급 제한적

이에 비해 한국은 아직 세액공제 이월제도(10년) 중심으로 운영되고 있어, 글로벌 경쟁력 확보를 위해서는 R&D 세제 혁신이 시급한 상황입니다.

5. 세제 지원 범위 확대와 파급효과 전망

산기협은 R&D 세액공제 제도의 적용 범위 확대도 함께 제안했습니다. 위탁·공동 R&D의 경우 서비스 전 분야(유흥업 제외)로 확대하고, 특허 관련 행정비용도 출원·등록 비용까지 세액공제 인정 범위에 포함시키는 방안입니다.

💡 산기협은 연간 20조원 규모의 파격적 세제 지원이 필요하다고 강조하며, 중소기업 환급제 도입 시 3년간 약 1조2천억원의 추가 재원으로 3.6조원의 경제적 파급효과를 기대합니다!

파급효과 전망:

• 중소기업 R&D 투자 확대: 연간 10~15% 증가 예상
• 혁신 스타트업 생존율 향상: 초기 3년 생존율 15%p 개선 기대
• 국가 R&D 경쟁력 강화: 민간 R&D 비중 확대
• 일자리 창출 효과: R&D 인력 고용 증가로 양질의 일자리 확대
• 기술 혁신 가속화: 신기술 개발 및 상용화 기간 단축

6. 산업계 반응과 정책 도입을 위한 과제

• 중소기업계와 벤처·스타트업 업계는 이번 산기협의 'R&D 세제건의서'에 큰 기대를 표하고 있습니다.
• 특히 세액공제 환급제는 기업들이 오랫동안 요구해 온 정책으로, 실질적인 R&D 투자 활성화에 큰 도움이 될 것으로 기대됩니다.

정책 도입을 위한 과제:

• 재정 부담에 대한 합리적 해결책 마련
• 세제 혜택 오남용 방지를 위한 검증 시스템 구축
• R&D 성과 평가 체계 강화
• 부처 간 협력을 통한 통합적 지원 시스템 구축
• 단계적 도입을 통한 제도 안정화

다만, 재정당국은 추가 재원 마련과 세수 감소 우려를 이유로 신중한 입장을 보이고 있어, 이에 대한 사회적 합의와 정책적 결단이 필요한 상황입니다.

자주 묻는 질문 (Q&A)

Q: 중소기업 R&D 세액공제 환급제가 정확히 어떤 제도인가요?

A: 중소기업이 R&D 투자 후 받게 되는 세액공제분을 10년간 이월하는 현행 방식 대신, 즉시 현금으로 환급받을 수 있게 하는 제도입니다. 자금 흐름이 중요한 중소기업의 현금 유동성을 개선하고 R&D 투자 선순환을 촉진합니다.

Q: R&D 세액공제 거래제는 어떻게 작동하나요?

A: 법인세 납부액이 적어 세액공제 혜택을 충분히 활용하지 못하는 기업이 자신의 이월 세액공제분을 다른 기업에 양도할 수 있게 하는 제도입니다. 미국에서는 스타트업이 이를 통해 R&D 세액공제분을 현금화하고 있습니다.

Q: 환급제 도입 시 필요한 재원과 경제적 효과는 어떻게 되나요?

A: 3년간 약 1조 2천억원의 추가 재원이 필요할 것으로 예상되며, 이를 통해 3.6조원 규모의 경제적 파급효과가 있을 것으로 산기협은 전망하고 있습니다. R&D 투자 증가, 고용 창출, 기술 혁신 등 다양한 측면에서 긍정적 효과가 기대됩니다.

Q: 글로벌 주요국들은 이미 이런 제도를 시행하고 있나요?

A: 네, 미국, 영국, 프랑스 등 주요 선진국들은 이미 R&D 세액공제 환급제나 거래제를 도입하여 운영 중입니다. 특히 스타트업과 중소기업 중심의 혁신 생태계를 지원하는 데 초점을 맞추고 있습니다.

결론

• 산업기술진흥협회(산기협)의 중소기업 R&D 세액공제 환급제 도입 제안은 혁신 생태계 조성과 기업 경쟁력 강화를 위한 중요한 정책적 전환점이 될 수 있습니다.
• 글로벌 경제 불확실성 속에서 기업들의 R&D 투자를 지속적으로 유도하고, 특히 자금력이 부족한 중소기업과 스타트업의 혁신 활동을 지원하는 데 큰 역할을 할 것으로 기대됩니다.
• 연간 20조원 규모의 파격적 세제 지원이 필요하다는 산기협의 주장은 국가 혁신 역량 강화를 위한 과감한 투자의 필요성을 강조하고 있습니다.
• 특히 중소기업 환급제 도입, R&D 세액공제 거래제 신설, 연구인력 지원 강화, 기술 취득비용 공제 재도입 등은 한국 R&D 생태계의 질적 도약을 위한 핵심 과제로 주목받고 있습니다.
• 이제 정부와 국회는 이러한 제안을 면밀히 검토하고, 재정건전성과 혁신 지원 사이의 균형을 찾아 최적의 정책 방안을 마련해야 할 시점입니다.
• R&D 세제 혁신을 통한 기업 혁신 지원은 국가 경쟁력 강화를 위한 필수적인 과제임을 인식하고, 적극적인 정책 도입을 검토할 필요가 있습니다.

💎 중소기업 R&D 세액공제 환급제 도입은 한국 혁신 생태계의 게임 체인저가 될 수 있습니다!